신동의보감 편찬 사업
동의보감이 편찬된 1613년 이후 한의문헌지식의 창의적 해석 및 임상지식 성과의 집대성이 부재한 시점에서 현대 임상·과학적 연구 성과를 집적하는 한의 임상지식의 외연 확대 요구가 증대됐다.
이에 동의보감을 한글로 번역하고 다양한 관점에서 현대적 해설과 동시에 동의보감 이후에 나온 한의문헌 지식을 비교·분석해 새로운 의학지식과 치료술을 증보했다.
본초·방제, 경혈·침구에 관한 자연과학적 연구 성과를 임상에 중요한 지식위주로 통합해 한의 진료에 필요한 의학정보와 임상지식을 제공함과 동시에 증후 및 질환에 대한 구체적이고 합리적인 임상접근법을 제시해 효과적인 한의 진료를 지원했다.
또 한의학이 가진 고유의 의학이론과 진단·치료기술의 특징 및 장점을 분석하고 새롭게 개발된 의료기술과 통합하기도 했다.
이로 인해 동의보감 목차를 기준으로 한의 고문헌 자료 통합, 안전하고 효율적인 임상정보 제공, 한의학 지식의 외연을 확대하여 풍부한 진료 근거 제공, 역사적·경험적·과학적 근거 통합 및 피드백 시스템 마련, 한국의료의 독창성·우수성 정립을 통해 세계의학 내 입지 강화의 효과를 얻을 수 있다.

어혈 진단 기술 개발
통증과 불임 등 만성·난치성 질환 및 스트레스로 인한 반건강 상태 등은 어혈과 관련성이  높으나 현재 통용되는 어혈의 개념이 혼재돼 있어 이를 명확히 정하고 관련 질환의 재정립 및 진단·치료의 표준을 제시할 필요가 있었다.
이에 대한 연구 내용으로는 어혈 표준 진단 기술 개발, Bio 융합 원천 기술 개발, 어혈 진단 임상연구 기반 및 DB구축 등이었다. 기대효과로는 어혈 상병명의 한국표준사인분류 등재의 기반 구축 마련과 동시에 어혈 생체지표의 유효성 검증 시스템 개발, 어혈 연관 목표 질환의 한의임상진료지침 제시, 한의학과 BT·IT 분야 기술 융합으로 독점적 원천 기술 확보 및 고부가가치 사업 창출 등이다.

한의 우수 임상기술(처방) 발굴 및 산업화
한의의료서비스는 약, 침, 뜸 등 전통적인 치료법들 이외에 환자 치료에 더욱 효율적이며 효과적인 치료법개발이 부진한 상황이다. 한의의료 관련 신산업 창출 및 한의 치료효과 상승을 통한 한의의료 서비스 시장의 활성화를 위해 임상적 효과가 뛰어나다고 알려져 있지만, 대중화되지는 못한 치료법을 발굴해 과학적 검증 및 보급의 필요성이 요구 됐다.
이 연구로 인한 기대효과는 새로운 한의의료 기술 및 처방을 보급하고 홍보를 통해 수요를 창출함으로써 한의의료서비스 시장을 확대하는 것이다. 또 한의의료에 대한 신뢰도를 제고하고 해당 기술 및 처방을 제약 등 제품 개발로 연계해 현재 취약한 한의의료 관련 제품산업 발전에 이바지하는 것이다.
이외에도 ▲한의 생체에너지대사 기반 노화관련 질환 예방·치료를 위한 한약개발 ▲중증 척추 질환에 대한 한의 비수술 요법 임상 연구 ▲한의학 기반, 한국인의 건강증진을 위한 예방관리 사업 등의 연구가 진행중이다.

한의학 분야 미래 인재 육성 사업
한의학연구원에서는 현재 ‘KIOM 학부생 연구지원 프로그램’을 진행하고 있다. 이 프로그램은 한의학 관련 학과 학부생들에게 실질적인 실험 및 연구경험을 쌓을 수 있는 기회를 제공하며 예비 연구자로서의 연구능력 향상을 유도한다는 목적이다.
전국 한의과 대학(원)생들을 대상으로 한의학 융합연구 현장 체험과 우수 연구자 특강을 통해 한의계 미래 인재육성에 기여하는 ‘KIOM 리서치 캠프’ 프로그램도 있다.
이외에도 ‘KIOM 글로벌원정대’를 통해 대학생들을 대상으로 세계 유수 전통의학 관련 연구기관 체험을 통해 한의계를 이끌어갈 미래 인재들에게 새로운 시각에서의 선진기관의 동향과 미래를 예측해 보는 기회를 제공하는 프로그램도 운영중이다.